После событий, имевших место в Splinter Cell Double Agent, Сэм Фишер оказывается предоставлен сам себе. Те, на кого он раньше работал, объявили нашего героя вне закона, поэтому бывший агент «Третьего эшелона» вынужден скрываться.
Проходит некоторое время, и Сэм узнает, что в государственной структуре самой демократичной страны в мире невсе так уж и демократично. Любимое АНБ погрязло в коррупции, а бывшей коллеге - Анне Гримсдоттир, некогда специалисту по обеспечению технической и коммуникационной поддержки агентов Splinter Cell «в поле», грозит смертельная опасность.